調子に乗って今度はVirtual PC 2007でMS-DOS 6.2とWindows 3.1を動かしてみました。MS-DOS用の追加機能はVirtual PC 2004のアーカイブから抽出してインストールできます。ただし、これをやったらWindows 3.1のインストーラが起動しなかったので、DOS用の追加機能はWindows 3.1のインストール終了後に入れた方が良いかも知れません。
また、S3 GraphicsのウェブサイトからTrio64のWindows 3.1用ドライバ(w3117004.zip)をダウンロードできます。手元では"S3 Trio64V 1.70.04 800x600 16.7M C SF"が（多分）正常に動作中です。1024x768でも動きましたが、Windows 3.1は低めの解像度の方がチープで素敵だと思います。末尾がLFのドライバはダメでした。
【2007年11月20日追記】Trio64V2のドライバでも動きました(@1024x768 16.7M C SF)。あと、追加機能のmouse.comはautoexec.batから外した方が良さそうです。